Dans les années 1980 sont apparus les premiers germes producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), des enzymes qui rendent les bactéries insensibles à l'action des antibiotiques de la famille des bêta-lactamines (comme les pénicillines et les céphalosporines de première, deuxième et troisième générations). On recense aujourd'hui des centaines de BLSE différentes, apparues au fil de mutations successives. Elles sont toutes produites par des entérobactéries, des microbes présents pour l'essentiel au niveau du tube digestif.

Ce sont les premiers responsables d'infections à l'hôpital, mais aussi en ville où l'on voit émerger depuis quelques années des souches d'Escherichia coli, qui font partie des entérobactéries, productrices de BLSE. Cette résistance croissante pousse à utiliser des antibiotiques à plus large spectre, ce qui augmente le risque de sélectionner des souches encore plus résistantes.

Des possibilités de traitement réduites

Pour surmonter cet écueil, les chercheurs ont commencé à développer, il y a une vingtaine d'années, une nouvelle famille d'antibiotiques: les carbapénèmes. Il s'agit en quelque sorte d'antibiotiques de dernier recours, pour faire face aux entérobactéries productrices des BLSE. Sans surprise, la réponse bactérienne ne s'est pas fait attendre: dès les années 2000, les microbiologistes découvraient les premières entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC). Elles sont résistantes à l'ensemble des carbapénèmes, à des niveaux différents (inefficacité totale ou partielle). Elles le sont aussi très souvent à d'autres antibiotiques parmi les plus puissants, comme les céphalosporines de troisième génération. Autant dire qu'une infection à EPC réduit drastiquement les possibilités de traitement.

En France, le premier épisode impliquant des EPC a été signalé à l'Institut de veille sanitaire (InVS) en 2004. À l'époque, le problème était vraiment mineur, mais il a pris une ampleur significative en 2010-2011. Fin 2015, l'InVS avait enregistré un total de 2 026 épisodes impliquant des EPC, avec une forte augmentation en 2014 (650 signalements) et 2015 (582 à la fin de l'été). Un épisode peut recouvrir des situations très diverses: une personne simplement porteuse de la bactérie, une personne infectée par la bactérie ou une véritable épidémie de personnes infectées. En France, la plus grande épidémie recensée à ce jour a concerné plus de 180 patients.

Dans la plupart des cas, les EPC signalées dans l'Hexagone ont été contractées lors d'un voyage ou d'une hospitalisation dans un autre pays, où la présence de ces super-bactéries est beaucoup plus forte. La prévalence des EPC est très importante dans tout le pourtour méditerranéen, au Maroc, en Algérie, en Tunisie et en Égypte, mais aussi en Turquie, en Grèce et en Italie.

Enquête

Rechercher une bactérie multirésistante n'est cependant pas si simple. Deux méthodes coexistent en effet pour rechercher les EPC. La première repose sur la mise en culture d'un prélèvement rectal, réalisé chez le patient. Le résultat est obtenu en 48 heures. La seconde utilise la biologie moléculaire et consiste à rechercher les gènes qui codent pour les différentes carbapénèmases. Elle peut être réalisée directement à partir du prélèvement rectal, et son résultat obtenu dans la journée.

La mobilisation des biologistes ne s'arrête pas là, puisque repérer une EPC chez un patient déclenche une véritable enquête, afin d'identifier tous les patients qui ont été en contact avec lui. Cela peut représenter plusieurs centaines de personnes. Les biologistes médicaux hospitaliers qui exercent dans un laboratoire dépourvu d'équipement de biologie moléculaire peuvent bénéficier, outre le soutien de leurs confrères, de l'expertise d'un Centre national de référence (CNR).

La bataille contre les super-bactéries s'organise également sur le terrain de la prévention. Pour réussir, nous devons impérativement remporter deux victoires. La première, c'est une hygiène rigoureuse des mains. La seconde, c'est le bon usage des antibiotiques, dans l'espèce humaine mais aussi chez les animaux d'élevage. Administrer larga manu des antibiotiques à des poules ou à des vaches, c'est risquer de sélectionner des bactéries multirésistantes dans leur flore intestinale et de retrouver ces mêmes bactéries dans notre assiette! C'est ainsi que les BLSE ont émergé.

* Christian Cattoen est chef du service de microbiologie du centre hospitalier de Valenciennes, président du collège de bactériologie, de virologie et d'hygiène des hôpitaux